Бывшие главные ворота в средневековой городской стене Арку Алмедина сохранили арабское название. Крутой лестничный переулок с многозначительным именем Quebra Costas ("спиноломный") ведет отсюда в тесный и запутанный старый город.

Название "Коимбра" берет начало от римского Конимбрига. Однако древний римский город располагается в 16 км от современный Коимбры. Он был покинут жителями после нашествия свевов и вандалов в VI веке. Для нового поселения был выбран холм Эминиум на берегу Мондегу, под стенами защищавшей его крепости. Беженцы сохранили за поселком прежнее название, трансформировавшееся затем в Коибру. Сегодня Конимбрига является местом важнейших античных раскопок в Португалии.

С VIII века мавры и христиане боролись за обладание Коимброй, которая до XI века оставалась важным торговым городом на границе мавританской Иберии и в которой мирно уживались христиане, мавры и евреи. В 1064 году Коимбра была окончательно завоевана христианами и с 1139 года стала первой столицей молодого португальского королевства.

Уже в средние века Коимбра превратилась в общепризнанный научный центр. Во времена Салазара Коимбра неоднократно становилась местом студенческих волнений (60-е годы), предшествовавших "гвоздичной" революции 1974 года.